根據主軸和工作臺的相對位置可以分為三類：數控立式加工中心，臥式加工中心，復合加工中心。

數控立式加工中心的結構是指主軸與工作臺為垂直狀態的加工中心。由于結構簡單，所以它裝夾方便，操作工人只需要在機床外面就能完成裝卸產品的過程，所有夾具可以設計成氣缸或液壓全自動方式，一分鐘內可以完成工件裝卸；同時它完成時的精準程度也很高。

臥式加工中心的結構是指主軸與工作臺為平行的加工中心。它的裝夾也比較方便；它與立式加工中心相比在加工過程中排屑更容易，由噴射的冷卻液直接沖走，避免了加工時殘屑劃傷工件的表面；由于結構上的優勢它可以加工大型工件。

復合加工中心是指主軸可做水平和垂直互換的加工中心。它是通過一次裝夾工件完成多種加工工序，縮短了加工時間，提高了加工精度。

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